Resultado da pesquisa (19)

Termo utilizado na pesquisa phylogenetic

#1 - Molecular detection and phylogenetic analysis of Trypanosoma spp. in Neotropical primates from Rio de Janeiro State, Brazil

Abstract in English:

Trypanosoma spp. infection is a problem in many tropical countries, infecting several animal species, including humans. The aim of the present study was to identify the Trypanosoma species in Neotropical primates from Rio de Janeiro state and compare the results with other reports both phylogenetically and geographically. Molecular detection was based on the 18 SSU gene. The sequences obtained in the PCR were sequenced and compared with others previously deposited in GenBank. These sequences were used to perform phylogenetic analysis and make a distribution map of primate species infected by Trypanosoma species in Brazil. Among 34 monkeys, five capuchin monkeys (Sapajus spp.) and one marmoset (Callithrix spp.) showed Trypanosoma spp. sequences in the same clade of Trypanosoma minasense and three capuchin monkeys’ sequences were in the same clade of Trypanosoma cruzi. The Atlantic Forest and the Brazilian Amazon are the regions with the highest frequency of studies about Trypanosoma spp. and variety of Neotropical primate hosts. These are areas that deserve attention regarding the conservation of biodiversity, but it also makes evident the lack of studies with Neotropical primates in other regions of the country, as well as multidisciplinary studies to better understand the host pathogen relationships.

Abstract in Portuguese:

A infecção por Trypanosoma spp. é um problema em muitos países tropicais, infectando várias espécies animais, incluindo humanos. O objetivo do presente estudo foi identificar as espécies de Trypanosoma em primatas neotropicais no estado Rio de Janeiro e comparar os resultados com outros relatos, tanto filogeneticamente quando geograficamente. A detecção molecular foi baseada no gene SSU 18. As sequências obtidas na PCR foram sequenciadas e comparadas com outras previamente depositadas no GenBank. Essas sequências foram utilizadas para análises filogenéticas e confeccionar um mapa de distribuição de espécies de primatas infectadas por espécies de Trypanosoma no Brasil. Entre 34 macacos, cinco macacos-prego (Sapajus spp.) e um sagui (Callithrix spp.) apresentaram sequências de Trypanosoma spp. no mesmo clado de Trypanosoma minasense e três sequências de macacos-prego estavam no mesmo clado de Trypanosoma cruzi. A Mata Atlântica e a Amazônia brasileira são as regiões com maior frequência de estudos sobre Trypanosoma spp. e variedade de primatas neotropicais hospedeiros. São áreas que merecem atenção no que se refere à conservação da biodiversidade, mas também evidencia a carência de estudos com PNH em outras regiões do país e de estudos multidisciplinares para melhor compreender as relações do patógeno hospedeiro.


#2 - Diagnosis and phylogenetic analysis of bovine viral diarrhea virus in cattle (Bos taurus) and buffaloes (Bubalus bubalis) from the Amazon region and Southeast Brazil

Abstract in English:

Bovine viral diarrhea virus (BVDV) is a highly infectious pathogen that affects bovines worldwide leading to great economic impact. Although Brazil has the largest commercial cattle population throughout the world and an increasing buffalo breeding industry, the country has no control or eradication program for BVDV. In this perspective, the aim of this study was to evaluate the occurrence of BVDV in cattle and buffaloes from two Brazilian states. Four different ELISA tests were performed and confirmed by virus neutralization testing (VNT). The presence of BVDV antibodies in the serum or plasma from 77 cattle from six herds (ELISA-1 and ELISA-4) and from 89 buffaloes from three herds (ELISA-1 through ELISA-4) was detected. Extraction of viral RNA was performed from the serum or plasma samples for the detection of BVDV by RT-PCR analysis. Amplified nucleotide sequences were used to construct a phylogenetic tree. In cattle, ELISA-1 detected 49.4% of seropositive animals, while ELISA-4 detected 37.7%. In buffaloes, ELISA-1 failed to detect any seropositive animals, while ELISA-2 and ELISA-3 detected 20.2% of seropositive animals, and ELISA-4 detected 21.3%. Eight of the nine herds tested had seropositive animals. The rate of PCR positive animals was 6.5% in cattle and 9% in buffaloes. Subtype 1d was found in cattle, and subtypes 1d and 1f were found in buffaloes. This is the first-time subtype 1f has been reported in Brazil. The absence of a control and eradication program seems to be favoring the spread of BVDV in the Brazilian herds. In addition, the improvement of diagnostic strategies for BVDV in buffaloes are required.

Abstract in Portuguese:

Diarreia viral bovina (BVDV) é um patógeno altamente infeccioso que afeta bovinos em todo o mundo elevando o impacto econômico. Apesar de o Brasil possuir a maior população bovina comercial em todo o mundo e uma indústria de criação bubalina em ascendência, o país não tem programa de controle e erradicação para BVDV. Nessa perspectiva, o objetivo deste estudo é avaliar a ocorrência do BVDV em bovinos e bubalinos de dois estados brasileiros. Quatro testes de ELISA foram realizados e confirmados por teste de vírus neutralização (VNT). A presença de anticorpos contra BVDV no soro ou plasma de 77 bovinos de seis rebanhos (ELISA-1 e ELISA-4) e de 89 búfalos de três rebanhos (ELISA-1 ao ELISA-4) foi detectada. Extração de RNA viral foi realizada em amostras de soro ou plasma para detecção de BVDV por análise de RT-PCR. Sequências de nucleotídeos amplificadas foram utilizadas para construção de uma árvore filogenética. Em bovinos, o ELISA-1 detectou 49.4% dos animais soropositivos, enquanto ELISA-4 detectou 37.7%. Em búfalos, o ELISA-1 falhou em detectar animais soropositivos, enquanto o ELISA-2 e o ELISA-3 detectaram 20.2% dos animais soropositivos e o ELISA-4 detectou 21.3%. Oito de nove rebanhos continham animais soropositivos. A frequência de animais PCR positivos foi de 6.5% em bovinos e 9% em búfalos. Os subtipos 1d foi encontrado em bovinos e os subtipos 1d e 1f foram encontrados em búfalos. Este é o primeiro relato da presença do subtipo 1f no Brasil. A ausência de um programa de controle e erradicação parece favorecer a disseminação de BVDV nos rebanhos brasileiros. Além disso, a melhora de estratégias de diagnóstico para BVDV em búfalos é necessária.


#3 - Molecular characterization of goose parvovirus in geese of Turkey

Abstract in English:

Goose parvovirus (GPV), also called Derzsy’s disease, is a viral pathogen that causes high morbidity and mortality in goslings and ducklings. In this study, we perform the molecular characterization of the GPV in Turkey. The definition of similarity to the world of GPV isolates in Turkey and construction of a phylogenetic tree was aimed. For this purpose, the presence of GPV in the liver, spleen, and intestine tissues of nine goslings with symptoms such as dysphagia, bilateral ocular swelling, eye discharge, diarrhea, and fatigue were investigated by real-time PCR method and all samples were detected as positive. According to the data obtained by molecular characterization, phylogenetic analysis of GPV has been presented in Turkey. As a result of this study, it was determined that the GPVs available in Turkey are virulent strains.

Abstract in Portuguese:

O parvovírus do ganso (GPV), também chamado de doença de Derzsy, é um patógeno viral que causa alta morbidade e mortalidade em gansos e patinhos. Neste estudo, objetivou-se a determinação da caracterização molecular do GPV na Turquia, a definição da similaridade com o mundo dos isolados de GPV na Turquia e a construção de uma árvore filogenética. Para tanto, a presença de GPV no fígado, baço e tecidos do intestino de nove gansos com sintomas como disfagia, edema ocular bilateral, secreção ocular, diarreia e fadiga foram investigados pelo método de PCR em tempo real e todas as amostras foram detectadas tão positivo. À luz dos dados obtidos por caracterização molecular, a análise filogenética do GPV foi apresentada na Turquia. Como resultado deste estudo, foi determinado que os GPVs disponíveis na Turquia são cepas virulentas.


#4 - Avipoxvirus detected in tumor-like lesions in a white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata)

Abstract in English:

Avipoxvirus is the etiological agent of the avian pox, a well-known disease of captive and wild birds, and it has been associated with tumor-like lesions in some avian species. A white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata) raised in captivity was referred to a Veterinary Teaching Hospital in Northeast due to cutaneous nodules present in both wings. A few days after the clinical examination, the animal died naturally. Once submitted to necropsy, histopathological evaluation of the lesions revealed clusters of proliferating epithelial cells expanding toward the dermis. Some of these cells had round, well-defined, intracytoplasmic eosinophilic material suggestive of poxvirus inclusion (Bollinger bodies). PCR performed on the DNA extracted from tissue samples amplified a fragment of the 4b core protein gene (fpv 167), which was purified and sequenced. This fragment of Avipoxvirus DNA present in these tumor-like lesions showed high genetic homology (100.0%) with other poxviruses detected in different avian species in several countries, but none of them were related to tumor-like lesions or squamous cell carcinoma. This is the first report of Avipoxvirus detected in tumor-like lesions of a white-faced whistling duck with phylogenetic analysis of the virus.

Abstract in Portuguese:

Avipoxvirus é o agente etiológico da varíola (bouba) aviária, uma doença bem descrita em aves de cativeiro e selvagens, tendo sido associada a lesões semelhantes a tumores em algumas dessas espécies. Uma marreca piadeira (Dendrocygna viduata), criada em cativeiro, foi atendida em um Hospital Veterinário na região nordeste devido à presença de nódulos cutâneos em ambas as asas. Alguns dias após o exame clínico, o animal veio a óbito naturalmente. A ave foi submetida à necropsia e coletados fragmentos das lesões para análise histopatológica, que revelou proliferação de células epiteliais expandindo para a derme. Algumas dessas células possuíam material eosinofílico intracitoplasmático e bem definido, sugestivo de inclusão de poxvírus (corpúsculos de Bollinger). A PCR realizada a partir do DNA extraído de amostras das lesões amplificou um fragmento do gene da proteína do núcleo 4b (fpv 167), que foi purificado e sequenciado. Esse fragmento de DNA de Avipoxvirus presente nas lesões relevou alta homologia genética (100,0%) com outros poxvírus detectados em diferentes espécies de aves em vários países, mas nenhum deles estava relacionado a lesões tumorais ou carcinoma espinocelular. Este é o primeiro relato de Avipoxvirus detectado em lesões semelhantes a tumores em uma marreca piadeira com caracterização molecular do vírus.


#5 - Phylogenetic and pathotypic characterization of newcastle disease virus in Tibetan chickens, China

Abstract in English:

Chickens are considered to be potential reservoirs of Newcastle disease virus (NDV). In this study, six Newcastle disease virus strains were isolated and characterized in Tibetan chickens. The HN gene was sequenced, and phylogenetic relationship to reference strains was studied. The phylogenetic analysis demonstrated that these six isolated strains were closely related to NDV isolates of the reference strains GQ245823, KT002186, KU527561, KJ563939, AY225110, EU305607, KM056357, Y18898, GQ245832, AF077761 and lasota strain. Among them, EU305607, KJ563939 and KM056357 were isolated from India, while lasota strain came from attenuated vaccine widely used in China. Then, mean death time (MDT) and intracerebral pathogenicity index (ICPI) were used to estimate the pathogenicity of the isolates. Pathogenicity experiment showed HNH1 and HN17 to be virulent. Our results indicated that genetically diverse viruses circulate in Tibetan chickens, and based upon the phlogeographic analysis, we estimated the origin of ancestral viruses of the isolates and its sister strains located in India and China (lasota strain). It indicates the importance of continuous surveillance to enhance current understanding of the genetic evolution of the NDV strains.

Abstract in Portuguese:

Chickens are considered to be potential reservoirs of Newcastle disease virus (NDV). In this study, six Newcastle disease virus strains were isolated and characterized in Tibetan chickens. The HN gene was sequenced, and phylogenetic relationship to reference strains was studied. The phylogenetic analysis demonstrated that these six isolated strains were closely related to NDV isolates of the reference strains GQ245823, KT002186, KU527561, KJ563939, AY225110, EU305607, KM056357, Y18898, GQ245832, AF077761 and lasota strain. Among them, EU305607, KJ563939 and KM056357 were isolated from India, while lasota strain came from attenuated vaccine widely used in China. Then, mean death time (MDT) and intracerebral pathogenicity index (ICPI) were used to estimate the pathogenicity of the isolates. Pathogenicity experiment showed HNH1 and HN17 to be virulent. Our results indicated that genetically diverse viruses circulate in Tibetan chickens, and based upon the phlogeographic analysis, we estimated the origin of ancestral viruses of the isolates and its sister strains located in India and China (lasota strain). It indicates the importance of continuous surveillance to enhance current understanding of the genetic evolution of the NDV strains.


#6 - Phylogenetic characterization of serum plus antibiotic-resistant extraintestinal Escherichia coli obtained from the liver of poultry carcasses in Pernambuco, 37(10):1069-1073

Abstract in English:

ABSTRACT.- Vaz R.V., Gouveia G.V., Andrade N.M.J., Costa M.M. & Lima-Filho J.V. 2017. Phylogenetic characterization of serum plus antibiotic-resistant extraintestinal Escherichia coli obtained from the liver of poultry carcasses in Pernambuco. Pesquisa Veterinária Brasileira 37(10):1069-1073. Departamento de Biologia, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Rua Dom Manoel de Medeiros s/n, Dois Irmãos, Recife, PE 52171-900, Brazil. E-mail: jose.mlimafo@ufrpe.br In this study, avian extraintestinal Escherichia coli obtained from the liver of poultry carcasses approved for human consumption in the State of Pernambuco-Brazil were tested for antibiotic plus serum-resistance. Liver samples (n=110) were obtained from one slaughterhouse and 88 bacterial isolates were identified as Escherichia coli. The antibiotic-resistance profiles of antibiotics used in human and/or veterinary practice were accessed by the disk-diffusion method. Phenotypes with high resistance to streptomycin (84.0%), tetracycline (44.7%), amikacin (29.8%), gentamicin (21.3%) and ciprofloxacin (21.3%) were identified. Resistance to antibiotics such as ceftazidime, amoxicillin-clavulanic acid and imipenem was also recorded. Twenty isolates with distinct antibiotic-resistance and susceptibility profiles were selected for serum resistance assays, phylogenetic characterization and detection of the iss gene. We have shown that multidrug resistant isolates were often simultaneously resistant to broiler and human sera. Phylogenetic characterization of serum- plus antibiotic-resistant isolates have shown three belonging to group D, eleven to group B1, one to group B2, and five to group A. We concluded that commensal E. coli strains isolated from the liver of healthy poultry carcasses can harbor and potentially share multidrug- plus virulence genes found in pathogenic pathotypes. This suspicion was not related to specific phylogenetic groups or presence of the iss gene.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Vaz R.V., Gouveia G.V., Andrade N.M.J., Costa M.M. & Lima-Filho J.V. 2017. Phylogenetic characterization of serum plus antibiotic-resistant extraintestinal Escherichia coli obtained from the liver of poultry carcasses in Pernambuco. [Caracterização filogenética de Escherichia coli extraintestinal soro- e antibiótico-resistentes isoladas do fígado de carcaças de frango em Pernambuco.] Pesquisa Veterinária Brasileira 37(10):1069-1073. Departamento de Biologia, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Rua Dom Manoel de Medeiros s/n, Dois Irmãos, Recife, PE 52171-900, Brazil. E-mail: jose.mlimafo@ufrpe.br Neste estudo, isolados de Escherichia coli extraintestinal aviária obtidos a partir do fígado de carcaças de aves aprovadas para consumo humano no Estado de Pernambuco-Brasil foram testados para resistência a antibióticos e soro. As amostras de fígado (n = 110) foram obtidas de um abatedouro, sendo 88 isolados bacterianos identificados como Escherichia coli. Os perfis de resistência a antibióticos de uso humano e/ou veterinário foram determinados pelo método de disco-difusão. Foram identificados fenótipos com alta resistência à estreptomicina (84,0%), tetraciclina (44,7%), amicacina (29,8%), gentamicina (21,3%) e ciprofloxacina (21,3%). A resistência a antibióticos utilizados na medicina humana e/ou veterinária, tais como a ceftazidima, amoxicilina-ácido clavulânico, estreptomicina e imipenem também foi registrada. Vinte amostras com perfis distintos de resistência/sensibilidade a antibióticos foram selecionadas para os ensaios de resistência ao soro, caracterização filogenética e detecção do gene iss. Foi demonstrado que isolados resistentes a múltiplas drogas foram também simultaneamente resistentes ao soro de frangos e ao soro humano. A caracterização filogenética desses isolados mostraram três pertencentes ao grupo D, onze ao grupo B1, um ao grupo B2 e cinco ao grupo A. Conclui-se que E. coli comensais isoladas do fígado de carcaças de aves saudáveis podem abrigar e potencialmente compartilhar genes de resistência a drogas e de virulência encontrados em patotipos patogênicos. Essa suspeita não foi relacionada com grupos filogenéticos específicos ou com a presença do gene iss.


#7 - First phylogenetic analysis of Avipoxvirus (APV) in Brazil, 36(5):357-362

Abstract in English:

ABSTRACT.- Kunert-Filho H.C., Cibulski S.P., Finkler F., Grassotti T.T., Jaenisch F.R.F., Brito K.C.T., Carvalho D., Lovato M. & Brito B.G. 2016. First phylogenetic analysis of Avipoxvirus (APV) in Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira 36(5):357-362. Laboratório de Saúde das Aves e Inovação Tecnológica, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, FEPAGRO Saúde Animal, Estrada do Conde 6000, Eldorado do Sul, RS 92990-000, Brazil. E-mail: hiran_veterinario@hotmail.com This study represents the first phylogenetic analysis of avian poxvirus recovered from turkeys in Brazil. The clinical disorders related to fowlpox herein described occurred in a turkey housing system. The birds displaying characteristic pox lesions which were observed on the neck, eyelids and beak of the turkeys. Four affected turkeys were randomly chosen, euthanized and necropsied. Tissues samples were submitted for histopathological analysis and total DNA was further extracted, amplified by conventional PCR, sequenced and phylogenetically analyzed. Avian poxviruses specific PCR was performed based on P4b core protein gene sequence. The histological analysis revealed dermal inflammatory process, granulation tissue, hyperplasia of epithelial cells and inclusion bodies. The P4b gene was detected in all samples. Sequencing revealed a 100% nucleotide and amino acid sequence identity among the samples, and the sequences were deposited in GenBank®. The four Avian poxviruses fragments sequenced in this study clustered along the A1 clade of avipoxviruses, and were classified as Avipoxvirus (APV). Additional studies, such as virus isolation, PCR and sequencing includinga large number of specimens from the Brazilian turkey production must be conducted due to the hazardous risk that poxvirus infections may cause to the Brazilian poultry production scenario, given that Brazil’s turkey production attracts attention due to its economic importance worldwide. Our findings point to the need to identify the prevalence of APV in Brazilian turkey production, to perform risk assessment studies and continued surveillance of APV infections in both wild and commercial avian species.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Kunert-Filho H.C., Cibulski S.P., Finkler F., Grassotti T.T., Jaenisch F.R.F., Brito K.C.T., Carvalho D., Lovato M. & Brito B.G. 2016. First phylogenetic analysis of Avipoxvirus (APV) in Brazil. [Primeira análise filogenética de Avipoxvirus (APV) no Brasil.] Pesquisa Veterinária Brasileira 36(5):357-362. Laboratório de Saúde das Aves e Inovação Tecnológica, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, FEPAGRO Saúde Animal, Estrada do Conde 6000, Eldorado do Sul, RS 92990-000, Brazil. E-mail: hiran_veterinario@hotmail.com Este trabalho representa a primeira análise filogenética de Poxvirus aviário detectado em perus no Brasil. Os distúrbios clínicos relacionados com bouba aviária aqui descritos ocorreram em um sistema de alojamento de perus. As aves apresentaram lesões características de varíola observadas no pescoço, pálpebras e bico das aves. Quatro perus com sinais característicos foram escolhidos aleatoriamente, sacrificados e submetidos à autópsia. Amostras de tecido foram submetidas à análise histopatológica e o DNA total foi extraído, amplificado por PCR convencional e os amplicons foram sequenciados e analisados ​​filogeneticamente. A PCR específica para Poxvírus aviário foi realizada com base na seqüência do gene da proteína do núcleo P4b. A análise histológica revelou um processo inflamatório dérmico, tecido de granulação, hiperplasia de células epiteliais e corpúsculos de inclusão. O gene P4b foi detectado em todas as amostras. O sequenciamento revelou uma identidade entre nucleotídeos e aminoácido de 100% entre as amostras e as sequências foram depositadas no GenBank®. Os quatro fragmentos de poxvírus aviário sequenciado neste estudo foram agrupados no clado A1 de avipoxvirus e foram classificados como Avipoxvirus (APV). Estudos adicionais, como isolamento viral, PCR e sequenciamento, incluindo um grande número de perus da produção brasileira devem ser conduzidos devido ao grave risco que a infecção por poxvírus pode causar ao cenário de produção avícola brasileira, tendo em vista que a produção brasileira de perus atrai atenção devido a sua importância mundial. Nossos resultados apontam para a necessidade de identificar a prevalência da APV na produção de peru no Brasil, para realizar estudos de avaliação de risco e continuada monitoração de infecções por APV nas espécies de aves comerciais e silvestres.


#8 - Phylogenetic analysis of rabies virus isolated from herbivores in Minas Gerais and São Paulo border (2000-2009), Brazil, 34(12):1196-1202

Abstract in English:

ABSTRACT.- Estévez Garcia A.I., Peixoto H.C., Silva S.O., Polo G., Alves A.J., Brandão P.E., Cunha E.M. & Richtzenhain L.J. 2014. Phylogenetic analysis of rabies virus isolated from herbivores in Minas Gerais and São Paulo border (2000-2009), Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(12):1196-1202. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Faculdade de Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, Av. Prof. Dr. Orlando Marques de Paiva 87, Cidade Universitária, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: isaestgar@yahoo.com Rabies transmitted by the hematophagous bat Desmodus rotundus represents a public health concern and a burden for the Brazilian livestock industry. Current evidence suggests that rabies occurrence is related to landscape characteristics, topography, hydrography, animal production systems and land use. However, a few studies have analyzed the possible connections among geographic factors and the molecular diversity of the rabies virus, furthering the understanding of the spatial and temporal dynamics of outbreaks. A study reported that the latest rabies epizootics in herbivores reported in the eastern region of São Paulo (close to the Minas Gerais border) occurred in two epidemic waves; the first was before 1998, and the other occurred after 1999. Using this evidence, the aim of the present study was to analyze cases of rabies in herbivores in the southern region of Minas Gerais (2000-2009) and their possible relationship with the aforementioned epidemics, considering the geographic characteristics of the region. Partial sequences of glycoprotein (539 nt) and nucleoprotein genes (414 nt) were obtained from 31 rabies virus isolates from herbivores. A phylogenetic tree was proposed for each genomic region using the Neighbor joining method, fixing the Kimura 2-parameter evolution model with a bootstrap level of 1,000 replications. Genetic sublineages were plotted on maps, considering rabies risk areas for herbivores in São Paulo, as well as topographic characteristics and hydrographic basins, to visualize any apparent distribution pattern influenced by those features. The phylogenetic trees had concordant topologies, suggesting a possible common origin for rabies outbreaks in herbivores along the SP/MG border, surrounding the less elevated portions of the Serra da Mantiqueira and along the hydrographic basins of Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.The co-circulation of several viral lineages was observed in some municipalities, possibly due to an overlapping of rabies outbreaks. Inferred protein sequences of both genes showed synonymous mutations, except among residues 20 to 200, corresponding to the external domain of the glycoprotein. This information prompted cooperation among the animal health services of both states to reinforce rabies control in the border area.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Estévez Garcia A.I., Peixoto H.C., Silva S.O., Polo G., Alves A.J., Brandão P.E., Cunha E.M. & Richtzenhain L.J. 2014. Phylogenetic analysis of rabies virus isolated from herbivores in Minas Gerais and São Paulo border (2000-2009), Brazil. [Análise filogenética de isolados do vírus da raiva de herbívoros na fronteira de Minas Gerais e São Paulo (2000-2009), Brasil.] Pesquisa Veterinária Brasileira 34(12):1196-1202. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Faculdade de Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, Av. Prof. Dr. Orlando Marques de Paiva 87, Cidade Universitária, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: isaestgar@yahoo.com A raiva transmitida por morcegos hematófagos da espécie Desmodus rotundus representa uma preocupação de saúde pública e causa de importantes prejuízos para a pecuária brasileira. A evidência atual sugere que a ocorrência de raiva está relacionada às características da paisagem, topografia, hidrografia, sistemas de produção animal e usos da terra. Contudo, existem poucos estudos que analisem as possíveis conexões entre fatores geográficos e a diversidade molecular do vírus da raiva, permitindo a compreensão da dinâmica espacial e temporal dos focos de raiva. Um desses trabalhos estabeleceu que a última epizootia de raiva dos herbívoros registrada no leste do estado de São Paulo (na fronteira com Minas Gerais), aconteceu em duas ondas epidêmicas, sendo a primeira em 1998 e, em 1999, a segunda. Considerando esta evidência, o intuito do presente estudo foi analisar casos de raiva em herbívoros na região sudeste de Minas Gerais (2000-2009) e sua possível relação com a epidemia previamente mencionada, incluindo as características geográficas da região. Foram obtidas sequencias parciais dos genes da glicoproteína (539 nt) e da nucleoproteína (414 nt) a partir de 31 isolados de vírus da raiva procedentes de herbívoros. Foi proposta uma árvore filogenética para cada região genômica usando o método de Neighbor joining, fixando o modelo evolutivo Kimura 2 - parâmetros com um nível de bootstrap de 1000 replicações. As sublinhagens genéticas foram localizadas sobre mapas, considerando as áreas de risco para raiva dos herbívoros em São Paulo, assim como as características topográficas e bacias hidrográficas com o intuito de visualizar qualquer padrão aparente de distribuição segundo essas características. As duas árvores filogenéticas mostraram topologias concordantes, sugerindo uma possível origem comum para os surtos que aconteceram ao longo da fronteira SP/MG, ao redor das porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira e acompanhando as bacias hidrográficas dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. Foi possível observar circulação de varias linhagens virais simultaneamente em alguns municípios, possivelmente por causa de sobreposição de surtos. As sequencias de proteína inferidas a partir dos dois genes mostraram mutações sinônimas, excetuando aquelas encontradas entre os resíduos 20 a 200, correspondentes ao domínio externo da glicoproteína. Esta informação salienta a importância da cooperação entre as autoridades sanitárias de ambos os estados para reforçar o programa de controle da doença nas áreas limítrofes.


#9 - In silico phylogenetic and virulence gene profile analyses of avian pathogenic Escherichia coli genome sequences, 34(2):129-133

Abstract in English:

ABSTRACT.- Rojas T.C.G., Maluta R.P., Koenigkan L.V. & Dias da Silveira W. 2014. In silico phylogenetic and virulence gene profile analyses of avian pathogenic Escherichia coli genome sequences. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(2):129-133. Departamento de Genética, Evolução e Bioagentes, Instituto de Biologia, Universidade de Campinas, Cx. Postal 6109, Campinas, SP 13083-970, Brazil. E-mail: wds@unicamp.br Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) infections are responsible for significant losses in the poultry industry worldwide. A zoonotic risk has been attributed to APEC strains because they present similarities to extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) associated with illness in humans, mainly urinary tract infections and neonatal meningitis. Here, we present in silico analyses with pathogenic E. coli genome sequences, including recently available APEC genomes. The phylogenetic tree, based on multi-locus sequence typing (MLST) of seven housekeeping genes, revealed high diversity in the allelic composition. Nevertheless, despite this diversity, the phylogenetic tree was able to cluster the different pathotypes together. An in silico virulence gene profile was also determined for each of these strains, through the presence or absence of 83 well-known virulence genes/traits described in pathogenic E. coli strains. The MLST phylogeny and the virulence gene profiles demonstrated a certain genetic similarity between Brazilian APEC strains, APEC isolated in the United States, UPEC (uropathogenic E. coli) and diarrheagenic strains isolated from humans. This correlation corroborates and reinforces the zoonotic potential hypothesis proposed to APEC.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Rojas T.C.G., Maluta R.P., Koenigkan L.V. & Dias da Silveira W. 2014. In silico phylogenetic and virulence gene profile analyses of avian pathogenic Escherichia coli genome sequences. [Análises in silico da filogenia e do perfil de genes associados à virulência, dos genomas de linhagens de Escherichia coli de origem aviária.] Pesquisa Veterinária Brasileira 34(2):129-133. Departamento de Genética, Evolução e Bioagentes, Instituto de Biologia, Universidade de Campinas, Cx. Postal 6109, Campinas, SP 13083-970, Brazil. E-mail: wds@unicamp.br As infecções causadas por linhagens de Escherichia coli de origem aviária (APEC) são responsáveis por perdas significativas na indústria avícola em todo mundo. Risco zoonótico tem sido atribuído às linhagens APEC, devido às semelhanças existentes entre elas e linhagens de E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC) de origem humana, causadoras de infecções no trato urinário e meningite neonatal. Neste trabalho, apresentamos os resultados de análises in silico feitas a partir dos genomas de linhagens patogênicas de E. coli, incluindo genomas recentemente obtidos de linhagens APEC. Uma árvore filogenética foi obtida, com base na tipagem de sequência multilocus (MLST) de sete genes essenciais, revelando alta diversidade na composição de alelos, mas ainda assim possibilitando o agrupamento dos diferentes patótipos. Foi determinado também, para cada linhagem, o perfil gênico, por meio da presença ou ausência de 83 genes associados à virulência. A árvore filogenética e o perfil gênico demonstraram que existem semelhanças genéticas entre cepas APEC brasileiras, APEC isolada nos Estados Unidos, UPEC (uropathogenic E. coli) e linhagens produtoras de diarreia em humanos. Essa correlação corrobora e reforça a hipótese de que linhagens APEC apresentam potencial risco zoonótico.


#10 - A phylogenetic study of canine parvovirus type 2c in midwestern Brazil, 33(2):214-218

Abstract in English:

ABSTRACT.- Fontana D.S., Rocha P.R.D., Cruz R.A.S., Lopes L.L., Melo A.L.T., Silveira M.M., Aguiar D.M. & Pescador C.A. 2013. A phylogenetic study of canine parvovirus type 2c in midwestern Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira 33(2):214-218. Departamento de Clínica Médica Veterinária, Faculdade de Agronomia, Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade Federal de Mato Grosso, Av. Fernando Corrêa da Costa 2367, Cuiabá, MT 78069-900, Brazil. E-mail: capescador@ufmt.br Since the late 1970s, canine parvovirus type 2 (CPV-2) has emerged as a causative agent of fatal severe acute hemorrhagic enteritis in dogs. To date, three antigenic types of CPV-2 were described worldwide (CPV-2a/b/c). This study was conducted to determine the variants of CPV-2 circulating in dogs from the Cuiabá Municipality in Midwestern Brazil. Out of 50 fecal samples, collected between 2009 and 2011, 27 tested positive for CPV-2. A 583 bp fragment of the VP2 gene was amplified by PCR, 13 representative samples were analyzed further by DNA sequencing. All strains were characterized as CPV-2c, displayed a low genetic variability although observed several amino acid substitution. These findings indicated that CPV-2c has been circulating in dogs from the Cuiabá Municipality in Midwestern Brazil.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Fontana D.S., Rocha P.R.D., Cruz R.A.S., Lopes L.L., Melo A.L.T., Silveira M.M., Aguiar D.M. & Pescador C.A. 2013. A phylogenetic study of canine parvovirus type 2c in midwestern Brazil. [Estudo filogenético do parvovírus canino tipo 2c no Centro-Oeste do Brasil.] Pesquisa Veterinária Brasileira 33(2):214-218. Departamento de Clínica Médica Veterinária, Faculdade de Agronomia, Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade Federal de Mato Grosso, Av. Fernando Corrêa da Costa 2367, Cuiabá, MT 78069-900, Brazil. E-mail: capescador@ufmt.br Desde o final dos anos de 1970, o parvovírus canino tipo 2 (CPV-2) tem emergido como agente de severa e fatal enterite hemorrágica, principalmente em cães com idade inferior a seis meses. Três variantes antigênicas de CPV-2 foram descritas mundialmente (CPV-2a/b/c). O objetivo do estudo foi determinar a presença do CPV-2 e suas variantes circulantes em cães no Município de Cuiabá, Centro-oeste, Brasil. Das 50 amostras fecais, coletadas entre 2009 e 2011, 27 foram positivas para CPV-2 na PCR, sendo 13 analisadas pelo sequenciamento de um fragmento de 583 pares de base do gene VP2. Todas as cepas foram caracterizadas como CPV-2c e apresentaram baixa variabilidade genética. Estes achados indicaram que o CPV-2c está circulando na população canina do Município de Cuiabá, Região Centro-Oeste do Brasil.


Colégio Brasileiro de Patologia Animal SciELO Brasil CAPES CNPQ UNB UFRRJ CFMV
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