Resultado da pesquisa (14)

Termo utilizado na pesquisa filogenética

#1 - Molecular detection and phylogenetic analysis of Trypanosoma spp. in Neotropical primates from Rio de Janeiro State, Brazil

Abstract in English:

Trypanosoma spp. infection is a problem in many tropical countries, infecting several animal species, including humans. The aim of the present study was to identify the Trypanosoma species in Neotropical primates from Rio de Janeiro state and compare the results with other reports both phylogenetically and geographically. Molecular detection was based on the 18 SSU gene. The sequences obtained in the PCR were sequenced and compared with others previously deposited in GenBank. These sequences were used to perform phylogenetic analysis and make a distribution map of primate species infected by Trypanosoma species in Brazil. Among 34 monkeys, five capuchin monkeys (Sapajus spp.) and one marmoset (Callithrix spp.) showed Trypanosoma spp. sequences in the same clade of Trypanosoma minasense and three capuchin monkeys’ sequences were in the same clade of Trypanosoma cruzi. The Atlantic Forest and the Brazilian Amazon are the regions with the highest frequency of studies about Trypanosoma spp. and variety of Neotropical primate hosts. These are areas that deserve attention regarding the conservation of biodiversity, but it also makes evident the lack of studies with Neotropical primates in other regions of the country, as well as multidisciplinary studies to better understand the host pathogen relationships.

Abstract in Portuguese:

A infecção por Trypanosoma spp. é um problema em muitos países tropicais, infectando várias espécies animais, incluindo humanos. O objetivo do presente estudo foi identificar as espécies de Trypanosoma em primatas neotropicais no estado Rio de Janeiro e comparar os resultados com outros relatos, tanto filogeneticamente quando geograficamente. A detecção molecular foi baseada no gene SSU 18. As sequências obtidas na PCR foram sequenciadas e comparadas com outras previamente depositadas no GenBank. Essas sequências foram utilizadas para análises filogenéticas e confeccionar um mapa de distribuição de espécies de primatas infectadas por espécies de Trypanosoma no Brasil. Entre 34 macacos, cinco macacos-prego (Sapajus spp.) e um sagui (Callithrix spp.) apresentaram sequências de Trypanosoma spp. no mesmo clado de Trypanosoma minasense e três sequências de macacos-prego estavam no mesmo clado de Trypanosoma cruzi. A Mata Atlântica e a Amazônia brasileira são as regiões com maior frequência de estudos sobre Trypanosoma spp. e variedade de primatas neotropicais hospedeiros. São áreas que merecem atenção no que se refere à conservação da biodiversidade, mas também evidencia a carência de estudos com PNH em outras regiões do país e de estudos multidisciplinares para melhor compreender as relações do patógeno hospedeiro.


#2 - Diagnosis and phylogenetic analysis of bovine viral diarrhea virus in cattle (Bos taurus) and buffaloes (Bubalus bubalis) from the Amazon region and Southeast Brazil

Abstract in English:

Bovine viral diarrhea virus (BVDV) is a highly infectious pathogen that affects bovines worldwide leading to great economic impact. Although Brazil has the largest commercial cattle population throughout the world and an increasing buffalo breeding industry, the country has no control or eradication program for BVDV. In this perspective, the aim of this study was to evaluate the occurrence of BVDV in cattle and buffaloes from two Brazilian states. Four different ELISA tests were performed and confirmed by virus neutralization testing (VNT). The presence of BVDV antibodies in the serum or plasma from 77 cattle from six herds (ELISA-1 and ELISA-4) and from 89 buffaloes from three herds (ELISA-1 through ELISA-4) was detected. Extraction of viral RNA was performed from the serum or plasma samples for the detection of BVDV by RT-PCR analysis. Amplified nucleotide sequences were used to construct a phylogenetic tree. In cattle, ELISA-1 detected 49.4% of seropositive animals, while ELISA-4 detected 37.7%. In buffaloes, ELISA-1 failed to detect any seropositive animals, while ELISA-2 and ELISA-3 detected 20.2% of seropositive animals, and ELISA-4 detected 21.3%. Eight of the nine herds tested had seropositive animals. The rate of PCR positive animals was 6.5% in cattle and 9% in buffaloes. Subtype 1d was found in cattle, and subtypes 1d and 1f were found in buffaloes. This is the first-time subtype 1f has been reported in Brazil. The absence of a control and eradication program seems to be favoring the spread of BVDV in the Brazilian herds. In addition, the improvement of diagnostic strategies for BVDV in buffaloes are required.

Abstract in Portuguese:

Diarreia viral bovina (BVDV) é um patógeno altamente infeccioso que afeta bovinos em todo o mundo elevando o impacto econômico. Apesar de o Brasil possuir a maior população bovina comercial em todo o mundo e uma indústria de criação bubalina em ascendência, o país não tem programa de controle e erradicação para BVDV. Nessa perspectiva, o objetivo deste estudo é avaliar a ocorrência do BVDV em bovinos e bubalinos de dois estados brasileiros. Quatro testes de ELISA foram realizados e confirmados por teste de vírus neutralização (VNT). A presença de anticorpos contra BVDV no soro ou plasma de 77 bovinos de seis rebanhos (ELISA-1 e ELISA-4) e de 89 búfalos de três rebanhos (ELISA-1 ao ELISA-4) foi detectada. Extração de RNA viral foi realizada em amostras de soro ou plasma para detecção de BVDV por análise de RT-PCR. Sequências de nucleotídeos amplificadas foram utilizadas para construção de uma árvore filogenética. Em bovinos, o ELISA-1 detectou 49.4% dos animais soropositivos, enquanto ELISA-4 detectou 37.7%. Em búfalos, o ELISA-1 falhou em detectar animais soropositivos, enquanto o ELISA-2 e o ELISA-3 detectaram 20.2% dos animais soropositivos e o ELISA-4 detectou 21.3%. Oito de nove rebanhos continham animais soropositivos. A frequência de animais PCR positivos foi de 6.5% em bovinos e 9% em búfalos. Os subtipos 1d foi encontrado em bovinos e os subtipos 1d e 1f foram encontrados em búfalos. Este é o primeiro relato da presença do subtipo 1f no Brasil. A ausência de um programa de controle e erradicação parece favorecer a disseminação de BVDV nos rebanhos brasileiros. Além disso, a melhora de estratégias de diagnóstico para BVDV em búfalos é necessária.


#3 - Molecular characterization of goose parvovirus in geese of Turkey

Abstract in English:

Goose parvovirus (GPV), also called Derzsy’s disease, is a viral pathogen that causes high morbidity and mortality in goslings and ducklings. In this study, we perform the molecular characterization of the GPV in Turkey. The definition of similarity to the world of GPV isolates in Turkey and construction of a phylogenetic tree was aimed. For this purpose, the presence of GPV in the liver, spleen, and intestine tissues of nine goslings with symptoms such as dysphagia, bilateral ocular swelling, eye discharge, diarrhea, and fatigue were investigated by real-time PCR method and all samples were detected as positive. According to the data obtained by molecular characterization, phylogenetic analysis of GPV has been presented in Turkey. As a result of this study, it was determined that the GPVs available in Turkey are virulent strains.

Abstract in Portuguese:

O parvovírus do ganso (GPV), também chamado de doença de Derzsy, é um patógeno viral que causa alta morbidade e mortalidade em gansos e patinhos. Neste estudo, objetivou-se a determinação da caracterização molecular do GPV na Turquia, a definição da similaridade com o mundo dos isolados de GPV na Turquia e a construção de uma árvore filogenética. Para tanto, a presença de GPV no fígado, baço e tecidos do intestino de nove gansos com sintomas como disfagia, edema ocular bilateral, secreção ocular, diarreia e fadiga foram investigados pelo método de PCR em tempo real e todas as amostras foram detectadas tão positivo. À luz dos dados obtidos por caracterização molecular, a análise filogenética do GPV foi apresentada na Turquia. Como resultado deste estudo, foi determinado que os GPVs disponíveis na Turquia são cepas virulentas.


#4 - Avipoxvirus detected in tumor-like lesions in a white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata)

Abstract in English:

Avipoxvirus is the etiological agent of the avian pox, a well-known disease of captive and wild birds, and it has been associated with tumor-like lesions in some avian species. A white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata) raised in captivity was referred to a Veterinary Teaching Hospital in Northeast due to cutaneous nodules present in both wings. A few days after the clinical examination, the animal died naturally. Once submitted to necropsy, histopathological evaluation of the lesions revealed clusters of proliferating epithelial cells expanding toward the dermis. Some of these cells had round, well-defined, intracytoplasmic eosinophilic material suggestive of poxvirus inclusion (Bollinger bodies). PCR performed on the DNA extracted from tissue samples amplified a fragment of the 4b core protein gene (fpv 167), which was purified and sequenced. This fragment of Avipoxvirus DNA present in these tumor-like lesions showed high genetic homology (100.0%) with other poxviruses detected in different avian species in several countries, but none of them were related to tumor-like lesions or squamous cell carcinoma. This is the first report of Avipoxvirus detected in tumor-like lesions of a white-faced whistling duck with phylogenetic analysis of the virus.

Abstract in Portuguese:

Avipoxvirus é o agente etiológico da varíola (bouba) aviária, uma doença bem descrita em aves de cativeiro e selvagens, tendo sido associada a lesões semelhantes a tumores em algumas dessas espécies. Uma marreca piadeira (Dendrocygna viduata), criada em cativeiro, foi atendida em um Hospital Veterinário na região nordeste devido à presença de nódulos cutâneos em ambas as asas. Alguns dias após o exame clínico, o animal veio a óbito naturalmente. A ave foi submetida à necropsia e coletados fragmentos das lesões para análise histopatológica, que revelou proliferação de células epiteliais expandindo para a derme. Algumas dessas células possuíam material eosinofílico intracitoplasmático e bem definido, sugestivo de inclusão de poxvírus (corpúsculos de Bollinger). A PCR realizada a partir do DNA extraído de amostras das lesões amplificou um fragmento do gene da proteína do núcleo 4b (fpv 167), que foi purificado e sequenciado. Esse fragmento de DNA de Avipoxvirus presente nas lesões relevou alta homologia genética (100,0%) com outros poxvírus detectados em diferentes espécies de aves em vários países, mas nenhum deles estava relacionado a lesões tumorais ou carcinoma espinocelular. Este é o primeiro relato de Avipoxvirus detectado em lesões semelhantes a tumores em uma marreca piadeira com caracterização molecular do vírus.


#5 - Phylogenetic characterization of serum plus antibiotic-resistant extraintestinal Escherichia coli obtained from the liver of poultry carcasses in Pernambuco, 37(10):1069-1073

Abstract in English:

ABSTRACT.- Vaz R.V., Gouveia G.V., Andrade N.M.J., Costa M.M. & Lima-Filho J.V. 2017. Phylogenetic characterization of serum plus antibiotic-resistant extraintestinal Escherichia coli obtained from the liver of poultry carcasses in Pernambuco. Pesquisa Veterinária Brasileira 37(10):1069-1073. Departamento de Biologia, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Rua Dom Manoel de Medeiros s/n, Dois Irmãos, Recife, PE 52171-900, Brazil. E-mail: jose.mlimafo@ufrpe.br In this study, avian extraintestinal Escherichia coli obtained from the liver of poultry carcasses approved for human consumption in the State of Pernambuco-Brazil were tested for antibiotic plus serum-resistance. Liver samples (n=110) were obtained from one slaughterhouse and 88 bacterial isolates were identified as Escherichia coli. The antibiotic-resistance profiles of antibiotics used in human and/or veterinary practice were accessed by the disk-diffusion method. Phenotypes with high resistance to streptomycin (84.0%), tetracycline (44.7%), amikacin (29.8%), gentamicin (21.3%) and ciprofloxacin (21.3%) were identified. Resistance to antibiotics such as ceftazidime, amoxicillin-clavulanic acid and imipenem was also recorded. Twenty isolates with distinct antibiotic-resistance and susceptibility profiles were selected for serum resistance assays, phylogenetic characterization and detection of the iss gene. We have shown that multidrug resistant isolates were often simultaneously resistant to broiler and human sera. Phylogenetic characterization of serum- plus antibiotic-resistant isolates have shown three belonging to group D, eleven to group B1, one to group B2, and five to group A. We concluded that commensal E. coli strains isolated from the liver of healthy poultry carcasses can harbor and potentially share multidrug- plus virulence genes found in pathogenic pathotypes. This suspicion was not related to specific phylogenetic groups or presence of the iss gene.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Vaz R.V., Gouveia G.V., Andrade N.M.J., Costa M.M. & Lima-Filho J.V. 2017. Phylogenetic characterization of serum plus antibiotic-resistant extraintestinal Escherichia coli obtained from the liver of poultry carcasses in Pernambuco. [Caracterização filogenética de Escherichia coli extraintestinal soro- e antibiótico-resistentes isoladas do fígado de carcaças de frango em Pernambuco.] Pesquisa Veterinária Brasileira 37(10):1069-1073. Departamento de Biologia, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Rua Dom Manoel de Medeiros s/n, Dois Irmãos, Recife, PE 52171-900, Brazil. E-mail: jose.mlimafo@ufrpe.br Neste estudo, isolados de Escherichia coli extraintestinal aviária obtidos a partir do fígado de carcaças de aves aprovadas para consumo humano no Estado de Pernambuco-Brasil foram testados para resistência a antibióticos e soro. As amostras de fígado (n = 110) foram obtidas de um abatedouro, sendo 88 isolados bacterianos identificados como Escherichia coli. Os perfis de resistência a antibióticos de uso humano e/ou veterinário foram determinados pelo método de disco-difusão. Foram identificados fenótipos com alta resistência à estreptomicina (84,0%), tetraciclina (44,7%), amicacina (29,8%), gentamicina (21,3%) e ciprofloxacina (21,3%). A resistência a antibióticos utilizados na medicina humana e/ou veterinária, tais como a ceftazidima, amoxicilina-ácido clavulânico, estreptomicina e imipenem também foi registrada. Vinte amostras com perfis distintos de resistência/sensibilidade a antibióticos foram selecionadas para os ensaios de resistência ao soro, caracterização filogenética e detecção do gene iss. Foi demonstrado que isolados resistentes a múltiplas drogas foram também simultaneamente resistentes ao soro de frangos e ao soro humano. A caracterização filogenética desses isolados mostraram três pertencentes ao grupo D, onze ao grupo B1, um ao grupo B2 e cinco ao grupo A. Conclui-se que E. coli comensais isoladas do fígado de carcaças de aves saudáveis podem abrigar e potencialmente compartilhar genes de resistência a drogas e de virulência encontrados em patotipos patogênicos. Essa suspeita não foi relacionada com grupos filogenéticos específicos ou com a presença do gene iss.


#6 - First phylogenetic analysis of Avipoxvirus (APV) in Brazil, 36(5):357-362

Abstract in English:

ABSTRACT.- Kunert-Filho H.C., Cibulski S.P., Finkler F., Grassotti T.T., Jaenisch F.R.F., Brito K.C.T., Carvalho D., Lovato M. & Brito B.G. 2016. First phylogenetic analysis of Avipoxvirus (APV) in Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira 36(5):357-362. Laboratório de Saúde das Aves e Inovação Tecnológica, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, FEPAGRO Saúde Animal, Estrada do Conde 6000, Eldorado do Sul, RS 92990-000, Brazil. E-mail: hiran_veterinario@hotmail.com This study represents the first phylogenetic analysis of avian poxvirus recovered from turkeys in Brazil. The clinical disorders related to fowlpox herein described occurred in a turkey housing system. The birds displaying characteristic pox lesions which were observed on the neck, eyelids and beak of the turkeys. Four affected turkeys were randomly chosen, euthanized and necropsied. Tissues samples were submitted for histopathological analysis and total DNA was further extracted, amplified by conventional PCR, sequenced and phylogenetically analyzed. Avian poxviruses specific PCR was performed based on P4b core protein gene sequence. The histological analysis revealed dermal inflammatory process, granulation tissue, hyperplasia of epithelial cells and inclusion bodies. The P4b gene was detected in all samples. Sequencing revealed a 100% nucleotide and amino acid sequence identity among the samples, and the sequences were deposited in GenBank®. The four Avian poxviruses fragments sequenced in this study clustered along the A1 clade of avipoxviruses, and were classified as Avipoxvirus (APV). Additional studies, such as virus isolation, PCR and sequencing includinga large number of specimens from the Brazilian turkey production must be conducted due to the hazardous risk that poxvirus infections may cause to the Brazilian poultry production scenario, given that Brazil’s turkey production attracts attention due to its economic importance worldwide. Our findings point to the need to identify the prevalence of APV in Brazilian turkey production, to perform risk assessment studies and continued surveillance of APV infections in both wild and commercial avian species.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Kunert-Filho H.C., Cibulski S.P., Finkler F., Grassotti T.T., Jaenisch F.R.F., Brito K.C.T., Carvalho D., Lovato M. & Brito B.G. 2016. First phylogenetic analysis of Avipoxvirus (APV) in Brazil. [Primeira análise filogenética de Avipoxvirus (APV) no Brasil.] Pesquisa Veterinária Brasileira 36(5):357-362. Laboratório de Saúde das Aves e Inovação Tecnológica, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, FEPAGRO Saúde Animal, Estrada do Conde 6000, Eldorado do Sul, RS 92990-000, Brazil. E-mail: hiran_veterinario@hotmail.com Este trabalho representa a primeira análise filogenética de Poxvirus aviário detectado em perus no Brasil. Os distúrbios clínicos relacionados com bouba aviária aqui descritos ocorreram em um sistema de alojamento de perus. As aves apresentaram lesões características de varíola observadas no pescoço, pálpebras e bico das aves. Quatro perus com sinais característicos foram escolhidos aleatoriamente, sacrificados e submetidos à autópsia. Amostras de tecido foram submetidas à análise histopatológica e o DNA total foi extraído, amplificado por PCR convencional e os amplicons foram sequenciados e analisados ​​filogeneticamente. A PCR específica para Poxvírus aviário foi realizada com base na seqüência do gene da proteína do núcleo P4b. A análise histológica revelou um processo inflamatório dérmico, tecido de granulação, hiperplasia de células epiteliais e corpúsculos de inclusão. O gene P4b foi detectado em todas as amostras. O sequenciamento revelou uma identidade entre nucleotídeos e aminoácido de 100% entre as amostras e as sequências foram depositadas no GenBank®. Os quatro fragmentos de poxvírus aviário sequenciado neste estudo foram agrupados no clado A1 de avipoxvirus e foram classificados como Avipoxvirus (APV). Estudos adicionais, como isolamento viral, PCR e sequenciamento, incluindo um grande número de perus da produção brasileira devem ser conduzidos devido ao grave risco que a infecção por poxvírus pode causar ao cenário de produção avícola brasileira, tendo em vista que a produção brasileira de perus atrai atenção devido a sua importância mundial. Nossos resultados apontam para a necessidade de identificar a prevalência da APV na produção de peru no Brasil, para realizar estudos de avaliação de risco e continuada monitoração de infecções por APV nas espécies de aves comerciais e silvestres.


#7 - Phylogenetic analysis of rabies virus isolated from herbivores in Minas Gerais and São Paulo border (2000-2009), Brazil, 34(12):1196-1202

Abstract in English:

ABSTRACT.- Estévez Garcia A.I., Peixoto H.C., Silva S.O., Polo G., Alves A.J., Brandão P.E., Cunha E.M. & Richtzenhain L.J. 2014. Phylogenetic analysis of rabies virus isolated from herbivores in Minas Gerais and São Paulo border (2000-2009), Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(12):1196-1202. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Faculdade de Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, Av. Prof. Dr. Orlando Marques de Paiva 87, Cidade Universitária, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: isaestgar@yahoo.com Rabies transmitted by the hematophagous bat Desmodus rotundus represents a public health concern and a burden for the Brazilian livestock industry. Current evidence suggests that rabies occurrence is related to landscape characteristics, topography, hydrography, animal production systems and land use. However, a few studies have analyzed the possible connections among geographic factors and the molecular diversity of the rabies virus, furthering the understanding of the spatial and temporal dynamics of outbreaks. A study reported that the latest rabies epizootics in herbivores reported in the eastern region of São Paulo (close to the Minas Gerais border) occurred in two epidemic waves; the first was before 1998, and the other occurred after 1999. Using this evidence, the aim of the present study was to analyze cases of rabies in herbivores in the southern region of Minas Gerais (2000-2009) and their possible relationship with the aforementioned epidemics, considering the geographic characteristics of the region. Partial sequences of glycoprotein (539 nt) and nucleoprotein genes (414 nt) were obtained from 31 rabies virus isolates from herbivores. A phylogenetic tree was proposed for each genomic region using the Neighbor joining method, fixing the Kimura 2-parameter evolution model with a bootstrap level of 1,000 replications. Genetic sublineages were plotted on maps, considering rabies risk areas for herbivores in São Paulo, as well as topographic characteristics and hydrographic basins, to visualize any apparent distribution pattern influenced by those features. The phylogenetic trees had concordant topologies, suggesting a possible common origin for rabies outbreaks in herbivores along the SP/MG border, surrounding the less elevated portions of the Serra da Mantiqueira and along the hydrographic basins of Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.The co-circulation of several viral lineages was observed in some municipalities, possibly due to an overlapping of rabies outbreaks. Inferred protein sequences of both genes showed synonymous mutations, except among residues 20 to 200, corresponding to the external domain of the glycoprotein. This information prompted cooperation among the animal health services of both states to reinforce rabies control in the border area.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Estévez Garcia A.I., Peixoto H.C., Silva S.O., Polo G., Alves A.J., Brandão P.E., Cunha E.M. & Richtzenhain L.J. 2014. Phylogenetic analysis of rabies virus isolated from herbivores in Minas Gerais and São Paulo border (2000-2009), Brazil. [Análise filogenética de isolados do vírus da raiva de herbívoros na fronteira de Minas Gerais e São Paulo (2000-2009), Brasil.] Pesquisa Veterinária Brasileira 34(12):1196-1202. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Faculdade de Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, Av. Prof. Dr. Orlando Marques de Paiva 87, Cidade Universitária, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: isaestgar@yahoo.com A raiva transmitida por morcegos hematófagos da espécie Desmodus rotundus representa uma preocupação de saúde pública e causa de importantes prejuízos para a pecuária brasileira. A evidência atual sugere que a ocorrência de raiva está relacionada às características da paisagem, topografia, hidrografia, sistemas de produção animal e usos da terra. Contudo, existem poucos estudos que analisem as possíveis conexões entre fatores geográficos e a diversidade molecular do vírus da raiva, permitindo a compreensão da dinâmica espacial e temporal dos focos de raiva. Um desses trabalhos estabeleceu que a última epizootia de raiva dos herbívoros registrada no leste do estado de São Paulo (na fronteira com Minas Gerais), aconteceu em duas ondas epidêmicas, sendo a primeira em 1998 e, em 1999, a segunda. Considerando esta evidência, o intuito do presente estudo foi analisar casos de raiva em herbívoros na região sudeste de Minas Gerais (2000-2009) e sua possível relação com a epidemia previamente mencionada, incluindo as características geográficas da região. Foram obtidas sequencias parciais dos genes da glicoproteína (539 nt) e da nucleoproteína (414 nt) a partir de 31 isolados de vírus da raiva procedentes de herbívoros. Foi proposta uma árvore filogenética para cada região genômica usando o método de Neighbor joining, fixando o modelo evolutivo Kimura 2 - parâmetros com um nível de bootstrap de 1000 replicações. As sublinhagens genéticas foram localizadas sobre mapas, considerando as áreas de risco para raiva dos herbívoros em São Paulo, assim como as características topográficas e bacias hidrográficas com o intuito de visualizar qualquer padrão aparente de distribuição segundo essas características. As duas árvores filogenéticas mostraram topologias concordantes, sugerindo uma possível origem comum para os surtos que aconteceram ao longo da fronteira SP/MG, ao redor das porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira e acompanhando as bacias hidrográficas dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. Foi possível observar circulação de varias linhagens virais simultaneamente em alguns municípios, possivelmente por causa de sobreposição de surtos. As sequencias de proteína inferidas a partir dos dois genes mostraram mutações sinônimas, excetuando aquelas encontradas entre os resíduos 20 a 200, correspondentes ao domínio externo da glicoproteína. Esta informação salienta a importância da cooperação entre as autoridades sanitárias de ambos os estados para reforçar o programa de controle da doença nas áreas limítrofes.


#8 - Phylogenetic and pathotype analysis of Escherichia coli swine isolates from Southern Brazil, 32(5):374-378

Abstract in English:

ABSTRACT.- Girardini L.K., Siqueira F.M., Krewer C.C., Krewer C.C., Costa M.M. & Vargas A.C. 2012. Phylogenetic and pathotype analysis of Escherichia coli swine isolates from Southern Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira 32(5):374-378. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva, Universidade Federal de Santa Maria, Camobi, Santa Maria, RS 97105-900, Brazil. E-mail: agueda.vargas@gmail.com The current study evaluated the presence of virulence factors by a multiplex PCR technique and then phylogenetically classified the studied strains into groups A, B1, B2 and D, according to Clermont et al. (2000), in 152 intestinal and extraintestinal swine isolates of Escherichia coli. Seventy seven isolates tested were positive for virulence factors. Phylogenetic characterization placed 21 samples into group A, 65 into B1, 19 into B2 and 47 into D. Fourteen urine samples were classified as uropathogenic E. coli (UPEC), nine were both UPEC and enterotoxigenic E. coli (ETEC) and four were ETEC only. The most common phylogenetic classifications were B1 and D groups. Of the analyzed fecal samples, 25 were classified as ETEC. Phylogenetically, the group of higher occurrence was B1, followed by B2, A and D. For the small intestine samples, 20 were classified as ETEC. Phylogenetic analysis found groups B1 and A to be the most commons in these samples. Six isolated tissue samples were classified as ETEC and most of them were designated as group D by phylogenetic classification. The phylogenetic analysis could be employed in veterinary laboratories in the E. coli isolates screening, including the possibility of vaccine strain selection and epidemiological searches.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Girardini L.K., Siqueira F.M., Krewer C.C., Krewer C.C., Costa M.M. & Vargas A.C. 2012. Phylogenetic and pathotype analysis of Escherichia coli swine isolates from Southern Brazil. [Análise filogenética e de patotipos de Escherichia coli isoladas de suínos no Sul do Brazil.] Pesquisa Veterinária Brasileira 32(5):374-378. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva, Universidade Federal de Santa Maria, Camobi, Santa Maria, RS 97105-900, Brazil. E-mail: agueda.vargas@gmail.com O presente estudo teve por objetivo avaliar a presença de diferentes fatores de virulência em 152 isolados de Escherichia coli intestinais e extra-intestinais provenientes de suínos pela técnica de PCR multiplex e classificá-los nos grupos filogenéticos A, B1, B2 e D, de acordo com Clermont et al. (2000). Setenta e sete isolados foram positivos para pelo menos um fator de virulência. Através da caracterização filogenética, 21 isolados foram caracterizados como pertencentes ao grupo A, 65 ao grupo B1, 19 ao grupo B2 e 47 isolados ao grupo D. Quatorze isolados de urina foram caracterizados como E. coli uropatogênica (UPEC); nove apresentaram fatores de UPEC e E. coli enterotoxigênica (ETEC) simultaneamente e quatro foram classificados como ETEC. Na classificação filogenética, os isolados provenientes de amostras de urina classificaram-se principalmente nos grupos D e B1. Das amostras de fezes analisadas, 25 demonstraram fatores de virulência característicos do patotipo ETEC. Filogeneticamente, o grupo de maior ocorrência foi o B1 seguido de B2, A e D. Em relação às cepas isoladas de intestino delgado, 20 foram caracterizadas como ETEC. Pela filogenia, 23 isolados classificaram-se nos grupos A ou B1. Seis isolados de tecidos foram qualificados como ETEC e a maioria deles foram designados como pertencentes ao grupo D, pela classificação filogenética. A análise filogenética pode ser empregada em laboratórios de diagnóstico veterinário como um screening para isolados de E. coli, incluindo a possibilidade de seleção de cepas vacinais e levantamentos epidemiológicos.


#9 - Molecular detection and phylogenetic analysis of the gene H from canine distemper virus isolates circulating at the municipality of Campinas, São Paulo, 32(1):72-77

Abstract in English:

ABSTRACT.- Rosa G.N., Domingues H.G., Santos M.M.A.B., Felippe P.A.N., Spilki F.R. & Arns C.W. 2012. [Molecular detection and phylogenetic analysis of the gene H from canine distemper virus isolates circulating at the municipality of Campinas, São Paulo.] Detecção molecular e análise filogenética do gene H de amostras do vírus da cinomose canina em circulação no município de Campinas, São Paulo. Pesquisa Veterinária Brasileira 32(1):72-77. Laboratório de Microbiologia Molecular, Instituto de Ciências da Saúde, Universidade Feevale, Rodovia RS-239 2755, Novo Hamburgo, RS 93352-000, Brazil. E-mail: fernandors@feevale.br Canine distemper virus (CDV), a Morbillivirus of the family Paramyxoviridae, is the etiological agent of neurological and systemic disease in dogs. The laboratory diagnosis of infection requires viral isolation or detection of genetic material of the virus in secretions or tissues of dogs with clinical suspicion of the disease. The genetic diversity among isolates of CDV can be assessed by sequencing and phylogenetic analysis of the gene that encodes the viral hemagglutinin (H gene), and there is currently a special interest in comparing the strains currently circulating in the field with the genogroup America-1, which comprises strains present in vaccines available in the market. In this study, the molecular detection of CDV gene H was performed from biological samples harvested ante-and post-mortem from 15 dogs with clinical signs suggestive of canine distemper in the metropolitan region of Campinas, São Paulo. Ten of the 15 dogs examined had at least one positive organ under molecular detection and the obtained amplicons were sequenced and further analyzed by molecular phylogenetic analysis. Similarly to what has already been reported on previous studies regarding the diversity of the gene H in other countries, the phylogenetic reconstruction obtained for the samples of cases of distemper from Campinas region showed they were grouped with the North American, European and Japanese newly described samples, a genetic group distinguished from classical samples of CDV, named America-1, which encompasses the vaccine strains Snyder Hill, Onderstepoort and Lederle.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Rosa G.N., Domingues H.G., Santos M.M.A.B., Felippe P.A.N., Spilki F.R. & Arns C.W. 2012. [Molecular detection and phylogenetic analysis of the gene H from canine distemper virus isolates circulating at the municipality of Campinas, São Paulo.] Detecção molecular e análise filogenética do gene H de amostras do vírus da cinomose canina em circulação no município de Campinas, São Paulo. Pesquisa Veterinária Brasileira 32(1):72-77. Laboratório de Microbiologia Molecular, Instituto de Ciências da Saúde, Universidade Feevale, Rodovia RS-239 2755, Novo Hamburgo, RS 93352-000, Brazil. E-mail: fernandors@feevale.br O vírus da cinomose canina (CDV), um Morbillivirus da família Paramyxoviridae, é o agente etiológico de doença neurológica e sistêmica em cães. O diagnóstico laboratorial da infecção requer o isolamento viral ou detecção do material genético do vírus em secreções ou tecidos de cães com suspeita clínica da doença. A diversidade genética entre os isolados de CDV pode ser aferida pelo sequenciamento e filogenia molecular do gene que codifica a hemaglutinina viral (gene H), havendo atualmente um especial interesse em comparar as amostras circulantes a campo com o genogrupo América-1, que abrange as cepas presentes nas vacinas disponíveis no mercado. No presente estudo, foi realizada a detecção molecular do gene H de CDV a partir de amostras biológicas colhidas ante- e post-mortem de 15 cães com sinais clínicos sugestivos de cinomose na região metropolitana de Campinas, São Paulo. Dez dos 15 cães analisados tiveram ao menos um órgão positivo na detecção molecular e os amplicons obtidos foram submetidos ao sequenciamento nucleotídico seguido de análise filogenética molecular. De forma semelhante ao que já foi reportado para estudo analisando a diversidade do gene H em outros países, a reconstrução filogenética obtida para as amostras de casos de cinomose da região de Campinas demonstrou as mesmas foram agrupadas junto a amostras norte-americanas, europeias e japonesas recentes, em um grupo genético distinto do grupo de amostras clássicas de CDV, nomeado America-1, o qual engloba as estirpes vacinais Snyder Hill, Onderstepoort e Lederle.


#10 - Serological identification and phylogenetic relationship of Salmonella spp. pig origin, 31(12):1039-1044

Abstract in English:

ABSTRACT.- Melo R.T., Guimarães A.R., Mendonça E.P., Coelho L R., Monteiro G.P., Fonseca B.B. & Rossi D.A. 2011. [Serological identification and phylogenetic relationship of Salmonella spp. pig origin.] Identificação sorológica e relação filogenética de Salmonella spp. de origem suína. Pesquisa Veterinária Brasileira 31(12):1039-1044. Laboratório de Biotecnologia Animal Aplicada, Faculdade de Medicina Veterinária, Universidade Federal de Uberlândia, Rua Ceará s/n, Bloco 2D, sala 43, Bairro Umuarama, Uberlândia, MG 38402-018, Brazil. E-mail: roberta-melo@hotmail.com Salmonella spp. is an important zoonotic pathogen that can spread along the production chain of swines. The objective was to evaluate the incidence of Salmonella spp. in feces of swines in termination phase in the farm, in the pre-slaughter and environmental samples, identify the serotypes and establish a phylogenetic relationship among the isolates. Three collections were done in different batches of pigs housed in the termination pen and in the same animals after transport to the slaughterhouse totaling 90 plots and 9 environmental samples. The transport does not influenced the percentage of isolation of the microorganism (p>0.05). Of the total of 99 samples, 50 (50.5%) were identified as Salmonella spp., and was identified a variety of serovars: Agona (30%), Typhimurium (26%), Minnesota (24%), Infantis (18%) and Panama (2%). Dendrograms showed homology among isolates of different serovars grouped into clusters. The similarity was independent of the local of isolation, indicating the presence of several clones. The main sources of infection were cross-contamination between animals and environment and the consumption of contaminated feed. The diversity of strains and homology among the isolates indicates a common origin, demonstrating a need for monitoring of zoonotic bacterias and the deployment of more effective control measures for Salmonella spp. in swines.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Melo R.T., Guimarães A.R., Mendonça E.P., Coelho L R., Monteiro G.P., Fonseca B.B. & Rossi D.A. 2011. [Serological identification and phylogenetic relationship of Salmonella spp. pig origin.] Identificação sorológica e relação filogenética de Salmonella spp. de origem suína. Pesquisa Veterinária Brasileira 31(12):1039-1044. Laboratório de Biotecnologia Animal Aplicada, Faculdade de Medicina Veterinária, Universidade Federal de Uberlândia, Rua Ceará s/n, Bloco 2D, sala 43, Bairro Umuarama, Uberlândia, MG 38402-018, Brazil. E-mail: roberta-melo@hotmail.com Salmonella spp. é um importante patógeno zoonótico que pode ser disseminado ao longo da cadeia produtiva de suínos. Objetivou-se avaliar a incidência de Salmonella spp. em fezes de suínos de terminação na granja, no pré-abate e amostras ambientais, identificar os sorovares e estabelecer a relação filogenética entre os isolados. Foram realizadas três coletas em lotes diferentes de suínos alojados na granja de terminação e nos mesmos animais após o transporte ao frigorífico totalizando 90 parcelas e 9 amostras ambientais. O transporte não influenciou na porcentagem de isolamento do microrganismo (p>0,05). Das 99 amostras, 50 (50,5%) foram identificados como Salmonella spp., sendo identificado uma multiplicidade de sorovares: Agona (30%), Typhimurium (26%), Minnesota (24%), Infantis (18%) e Panama (2%). Os dendrogramas demonstraram homologia entre isolados dos diferentes sorovares agrupados em clusters. A similaridade foi independente do local de isolamento indicando a presença de vários clones. As principais fontes de infecção determinadas foram a contaminação cruzada entre animais e ambiente e o consumo de ração contaminada. A diversidade de sorovares e a homologia entre eles indicam origem comum, demonstrando necessidade de monitoramento de bactérias zoonóticas e de implantação de medidas de controle mais eficazes para Salmonella spp. em suínos.


Colégio Brasileiro de Patologia Animal SciELO Brasil CAPES CNPQ UNB UFRRJ CFMV
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