Resultado da pesquisa (3)
Termo utilizado na pesquisa Genoma
#1 - Streptococcus lutetiensis and Streptococcus equinus as potential emerging bovine mastitis pathogens
Abstract in English:
The current study characterizes the genetic distribution of virulence and antimicrobial resistance of Streptococcus lutetiensis and Streptococcus equinus isolated from cows with clinical mastitis using whole genome sequencing (WGS). Although they are not the protagonist species within the genus Streptococcus, recent studies have isolated these species associated with bovine mastitis. In addition, these species are reported and isolated from humans and other animals. A total of four strains of S. lutetiensis and one of S. equinus were isolated from five cows with identified cases of clinical mastitis at a dairy farm near Ithaca, New York. Nineteen genes associated with antimicrobial resistance and 20 genes associated with virulence were identified in the analyzed strains. All strains presented genes associated with resistance: alr, ddl, gdpD, kasA, murA, lsa(E), msr(D), mef(A), gidB, and LiaF. Resistance genes associated with several different classes of antibiotics have also been reported. Sixteen virulence-associated genes were identified in all strains. Based on our findings, we conclude that the studied species have the potential to cause mastitis in cattle, and further studies are important to elucidate their role.
Abstract in Portuguese:
O presente estudo caracteriza a distribuição genética de virulência e resistência antimicrobiana de Streptococcus lutetiensis e Streptococcus equinus isolados de vacas com mastite clínica usando sequenciamento completo do genoma. Apesar de não serem as espécies protagonistas dentro do gênero Streptococcus, estudos recentes têm isolado essas espécies associadas à mastite bovina. Além disso, essas espécies são relatadas e isoladas de humanos e outros animais. Um total de quatro cepas de S. lutetiensis e uma de S. equinus foram isoladas de cinco vacas com casos identificados de mastite clínica em uma fazenda leiteira perto de Ithaca, Nova York. Dezenove genes associados à resistência antimicrobiana e 20 genes associados à virulência foram identificados nas cepas analisadas. Todas as linhagens apresentaram genes associados à resistência: alr, ddl, gdpD, kasA, murA, lsa(E), msr(D), mef(A), gidB e LiaF. Genes de resistência associados a várias classes diferentes de antibióticos também foram relatados. Dezesseis genes associados à virulência foram identificados em todas as cepas. Com base em nossos achados, concluímos que as espécies estudadas têm potencial para causar mastite em bovinos e mais estudos são importantes para elucidar seu papel.
#2 - Genomic characterization, antimicrobial resistance profiles, enterotoxin, and biofilm production of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated from clinical and animal products origins in Eastern Turkey
Abstract in English:
Staphylococcus aureus is an opportunistic and ubiquitous pathogen found in the skin, nares, and mucosal membranes of mammals. Increasing resistance to antimicrobials including methicillin has become an important public concern. One hundred and eight (108) S. aureus strains isolated from a total of 572 clinical and animal products samples, were investigated for their biofilm capability, methicillin resistance, enterotoxin genes, and genetic diversity. Although only one strain isolated from raw retail was found as a strong biofilm producer, the percentage of antimicrobial resistance pattern was relatively higher. 17.59% of S. aureus strains tested in this study were resistant to cefoxitin and identified as methicillin-resistant S. aureus (MRSA) isolates. mecA and mecC harboring S. aureus strains were detected at a rate of 2.79% and 0.93%, respectively. In addition, staphylococcal enterotoxin genes including Sea, Seb, Sec, and Sed genes were found to be 18.5%, 32.4%, 6.5% and 3.7%, respectively. The phylogenetic relationship among the isolates showed relationship between joint calf and cow milk isolates. Multi locus sequence typing (MLST) revealed three different sequence types (STs) including ST84, ST829, and ST6238. These findings highlight the development and spread of MRSA strains with zoonotic potential in animals and the food chain throughout the world.
Abstract in Portuguese:
Staphylococcus aureus é um patógeno dúctil e ubíquo encontrado na pele, narinas e membranas mucosas de mamíferos. O aumento da resistência aos antimicrobianos, incluindo a meticilina, tornou-se uma importante preocupação pública. Cento e oito (108) cepas de S. aureus isoladas de um total de 572 amostras clínicas e de produtos animais foram investigadas por sua capacidade de biofilme, resistência à meticilina, genes de enterotoxinas e diversidade genética. Embora apenas uma cepa isolada do cru tenha sido encontrada como forte produtora de biofilme, a porcentagem do padrão de resistência antimicrobiana foi relativamente maior. Parte das cepas (17,59%) de S. aureus testadas neste estudo eram resistentes à cefoxitina e identificadas como isolados de MRSA. mecA e mecC abrigando cepas de S. aureus foram detectados a uma taxa de 2,79% e 0,93%, respectivamente. Além disso, verificou-se que os genes da enterotoxina estafilocócica, incluindo os genes Sea, Seb, Sec e Sed, eram 18,5%, 32,4%, 6,5% e 3,7%, respectivamente. A relação filogenética entre os isolados mostrou relação entre os isolados de bezerro e leite de vaca. A tipagem de sequência multiloco (MLST) revelou três tipos de sequência diferentes (STs), incluindo ST84, ST829 e ST6238. Essas descobertas destacam o desenvolvimento e a disseminação de cepas de MRSA com potencial zoonótico em animais e na cadeia alimentar em todo o mundo.
#3 - In silico phylogenetic and virulence gene profile analyses of avian pathogenic Escherichia coli genome sequences, 34(2):129-133
Abstract in English:
ABSTRACT.- Rojas T.C.G., Maluta R.P., Koenigkan L.V. & Dias da Silveira W. 2014. In silico phylogenetic and virulence gene profile analyses of avian pathogenic Escherichia coli genome sequences. Pesquisa Veterinária Brasileira 34(2):129-133. Departamento de Genética, Evolução e Bioagentes, Instituto de Biologia, Universidade de Campinas, Cx. Postal 6109, Campinas, SP 13083-970, Brazil. E-mail: wds@unicamp.br
Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) infections are responsible for significant losses in the poultry industry worldwide. A zoonotic risk has been attributed to APEC strains because they present similarities to extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) associated with illness in humans, mainly urinary tract infections and neonatal meningitis. Here, we present in silico analyses with pathogenic E. coli genome sequences, including recently available APEC genomes. The phylogenetic tree, based on multi-locus sequence typing (MLST) of seven housekeeping genes, revealed high diversity in the allelic composition. Nevertheless, despite this diversity, the phylogenetic tree was able to cluster the different pathotypes together. An in silico virulence gene profile was also determined for each of these strains, through the presence or absence of 83 well-known virulence genes/traits described in pathogenic E. coli strains. The MLST phylogeny and the virulence gene profiles demonstrated a certain genetic similarity between Brazilian APEC strains, APEC isolated in the United States, UPEC (uropathogenic E. coli) and diarrheagenic strains isolated from humans. This correlation corroborates and reinforces the zoonotic potential hypothesis proposed to APEC.
Abstract in Portuguese:
RESUMO.- Rojas T.C.G., Maluta R.P., Koenigkan L.V. & Dias da Silveira W. 2014. In silico phylogenetic and virulence gene profile analyses of avian pathogenic Escherichia coli genome sequences. [Análises in silico da filogenia e do perfil de genes associados à virulência, dos genomas de linhagens de Escherichia coli de origem aviária.] Pesquisa Veterinária Brasileira 34(2):129-133. Departamento de Genética, Evolução e Bioagentes, Instituto de Biologia, Universidade de Campinas, Cx. Postal 6109, Campinas, SP 13083-970, Brazil. E-mail: wds@unicamp.br
As infecções causadas por linhagens de Escherichia coli de origem aviária (APEC) são responsáveis por perdas significativas na indústria avícola em todo mundo. Risco zoonótico tem sido atribuído às linhagens APEC, devido às semelhanças existentes entre elas e linhagens de E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC) de origem humana, causadoras de infecções no trato urinário e meningite neonatal. Neste trabalho, apresentamos os resultados de análises in silico feitas a partir dos genomas de linhagens patogênicas de E. coli, incluindo genomas recentemente obtidos de linhagens APEC. Uma árvore filogenética foi obtida, com base na tipagem de sequência multilocus (MLST) de sete genes essenciais, revelando alta diversidade na composição de alelos, mas ainda assim possibilitando o agrupamento dos diferentes patótipos. Foi determinado também, para cada linhagem, o perfil gênico, por meio da presença ou ausência de 83 genes associados à virulência. A árvore filogenética e o perfil gênico demonstraram que existem semelhanças genéticas entre cepas APEC brasileiras, APEC isolada nos Estados Unidos, UPEC (uropathogenic E. coli) e linhagens produtoras de diarreia em humanos. Essa correlação corrobora e reforça a hipótese de que linhagens APEC apresentam potencial risco zoonótico.
